Cependant, le projet est arrêté avec l'assassinat d'Henri IV par Ravaillac en 1610. C'est sa veuve, Marie de Médicis, qui reprend le projet afin d'alimenter les fontaines du jardin de Luxembourg et son palais en construction. Les travaux de construction du nouvel aqueduc sont adjugés à Jean Coingt, maître maçon, le 27 octobre 1612 pour la somme de 460 000 livres payables en 6 ans. Le devis comprend :

- Le captage des sources de Rungis

- La construction d’un aqueduc souterrain jusqu’au Luxembourg

- 30 regards espacés de 500 mètres

- L’ouverture de bouches de contrôle (4 entre chaque regard)

- Un pont-aqueduc pour franchir la vallée de la Bièvre à Arcueil

- Un regard pour la répartition des eaux à l’entrée du faubourg Saint-Jacques.

- Un débit prévu de 30 pouces fontainier soit 400L/min. ou 560m3/jour.

La construction commence le 17 juillet 1613 avec la pose de la première pierre du "Regard N°I de Rungis" par Louis XIII, alors âgé de 12 ans.

Les travaux durent 10 ans au lieu des 3 ans annoncés, du fait de pluies très abondantes, et font travailler 500 à 600 ouvriers. L'eau parvient à la "maison du fontainier" le 19 mai 1623. Cependant l'eau pour le peuple, ne coulera dans les fontaines que 5 ans plus tard. Le règlement de l'ouvrage est assuré par une taxe sur les vins qui entrent dans Paris et s'est elevé au final à 850 000 livres.

Débit en chute libre ! :

Lors de la mise en marche, des concessions d'eau privées ont été accordées à plusieurs "personnages puissants" (des princes du sang, des communautés religieuses, des collèges, des hôpitaux). Mais certains de ces personnages ne se gênent pas pour agrandir la taille de leur tuyau. Le débit de l'aqueduc s'en ressent et devient bien vite insuffisant pour alimenter les fontaines parisiennes.
La recherche de nouvelles sources (les "nouvelles eaux d'Arcueil") est entreprise en 1655. Cependant, on accorde à nouveau des concessions privées, ce qui ne résout en rien le manque d'eau pour les fontaines parisiennes.

un entretien irrégulier ! :

Par la suite, l'entretien de l'aqueduc est plus ou moins bien effectué selon les périodes de l'histoire. Cet entretien consiste essentiellement à curer la cunette afin d'enlever la calcite qui s'y dépose et qui diminue le débit. Les échevins (responsable de la commune) effectuèrent ces travaux jusqu'en 1736. La révolution perturbe l'ordre établi, et l'entretien de l'aqueduc ne fait pas exception.

Les curages reprirent seulement sous le premier empire (vers 1800). On trouve deux inscriptions de curages dans la galerie au niveau de cachan, datés de 1784 (par Thévenar)et 1837 (par Roudier). Des fonds furent attribués également pour la restauration de la galerie de l'aqueduc et du pont d'Arcueil. Ce dernier, au dit des textes de l'époque , était envahit de palntes qui poussaient dessus!

Progressivement (entre 1838 et 1868), la ville de Paris rachète 112 concessions payantes, tandis que 204 Concessions attribuées à titre gracieux sont supprimées. A cette même époque (Courant XIXème), les travaux haussmanniens des voiries et des immeubles tronçonnent l'aqueduc au niveau de Paris. L'aqueduc de la Vanne va prendre le relais du "vieil aqueduc Médicis" qui n'aura plus aucun intérêt en terme d'alimentation en eau.

En 1904 l'eau de l'aqueduc alimente le lac de Montsouris. C'est encore le cas aujourd'hui.

Pendant la seconde guerre mondiale, les morceaux d'aqueduc dans Paris furent réquisitionnés par la préfecture de la seine pour faire des abris de défense passive.

L'aqueduc aujourd'hui : travaux d'urbanisme ou saccages ! :

Depuis 1982, L'aqueduc Médicis, de Rungis au périphérique, a été ajouté à la liste complémentaire des monuments historiques. Le classement concerne uniquement les regards. Cependant un périmètre de 500 mètres autour est soumis au classement ce qui permet d'y intégrer les portions de galerie entre chaque regard distants de 500 mètres.
La portion dans Paris n'est malheureusement pas classée, à l'exception de la maison du fontainier et le regard N°27 (situé dans le jardin de l'observatoire).

Depuis 1987 l'entretien est assuré par la SAGEP (Société anonyme de gestion des eaux de Paris). Aujourd'hui, le débit est de quelques dizaines de mètres cube par 24 heures. La portion actuelle de galerie dans Paris est de 850 mètres.

En Juillet 1996 les travaux de la ZAC de Alésia-Montsouris ont surbaissé le terrain sur 6 hectares. Ces travaux ont mis à jour deux tronçons de 153 mètres chacun de l'aqueduc Médicis. Cette portion de 300 m, contenant la partie souterraine du regard N°23, avaient été remblayés lors de la construction de la ligne de chemin de fer de sceaux en 1855. Ces vestiges ont été détruits malgré les réactions des riverains et des associations. Seul le bassin du regard N°23 a été conservé, avec une vingtaine de mètres de galerie. L'édicule qui le surmontait a été reconstruit en faisant une copie du regard N°25.

Rq: Ces travaux ont également mis à jour 150m de l'aqueduc de Lutèce.

En 2006, le regard N°20, sur la commune de Gentilly, avait été abimé lors des travaux de construction de l'immeuble voisin. Le coin du chapiteau avait été cassé. Il a été restauré de façon discutable en 2006. L'ancien édicule a purement et simplement été remplace par une copie.